Los orígenes de la Junta Mayor, se remontan al 15 de mayo de 1944 cuado se celebra la primera reunión de la Comisión Pro-fomento de las Procesiones de la Semana Santa participaron Abades y los Seises de las cofradías de Nuestra Señora de las Angustias y Soledad, Dulce Nombre de Jesús Nazareno y Minerva y Vera Cruz.
En esta primera reunión oficial se pactó “la realización de la idea hace tiempo lanzada de constituir una comisión pro-fomento de las procesiones de la Semana Santa, la cual realizará todas las actividades compatibles con la autonomía que el Estatuto asigne a cada una de las cofradías”. Para esta Comisión nombran a dos representantes de “Angustias” y “Jesús” y tres de “Minerva”, como coloquialmente se conoce a las penitenciales.
Sus primeras labores fue buscar financiación para las maltrechas arcas de las cofradías. Para poder reformar las imágenes y ampliar el númer de braceros empezaron a vender participaciones de loterías.
En el año 1945 comienza la colaboración con el Cabildo Catedral y el Ayuntamiento de la ciudad en la procesión de “Las Palmas”, aportando un seise para el paso de “La Borriquilla”. Y se organiza una Colecta Pro-cofradías en distintas iglesias de la ciudad de León. Este año también se une a la Comisión inicial, en el momento de su fundación, la Hermandad de Santa Marta.
En 1947 el obispo de León, Luis Almarcha Hernández, constituye la Junta Mayor mediante Decreto de 1 de Marzo de 1947 cuyo literal dice:
«Con el fin de fomentar, unificar y procurar el mayor esplendor de las procesiones de Semana Santa, creamos la Junta Mayor Pro-Fomento de Procesiones de Semana Santa de León, compuesta por el Ilmo. Sr. Vicario General como Presidente efectivo y de los Abades de las Cofradías aprobadas, o que aprobare el Ordinario, como pasionales o penitenciales. Dicha Junta podrá nombrar los miembros que estime necesarios o convenientes para su mejor funcionamiento».
En este momento se unen a la Junta Mayor las cofradías de Nuestra Señora de las Angustias y Soledad, Dulce Nombre de Jesús Nazareno; Minerva y Vera Cruz; hoy en día Real Cofradía del Santísimo Sacramento de Minerva y la Santa Vera Cruz; y Hermandad de Santa Marta, hoy en día Hermandad de Santa Marta y de la Sagrada Cena.
La primera procesión organizada por la Junta Mayor tuvo lugar el 29 de marzo de 1947 y fue la denominada “Penitencial de las Mujeres”. Llevaba la imagen de la Virgen de la Amargura con salida de la Parroquia de San Martín. Esta procesión de “La Paloma”, como muchos leoneses recuerdan a la citada imagen, desapareció en 1967
El 22 de marzo de 1948, Lunes Santo, se iniciaba la que sería la primera «Procesión del Pregón” con la participación de las cuatro asociaciones penitenciales citadas y el paso de Jesús Nazareno. La procesión partió de la Iglesia Parroquial de Nuestra Señora del Mercado, al lado de la Plaza del Grano, hasta la S.I. Catedral dónde se finalizó el Triduo a la venerada imagen.
La historia de la procesión del Pregón ha corrido paralela a la propia evolución de la Junta Mayor de la Semana Santa, incorporando a las cofradías que nacían en la ciudad, posteriormente sus pasos titulares e incluso pasos procedentes de diferentes localidades de la provincia. Tuvo ediciones con varios recorridos que confluían en la Catedral, y cambió de recorrido y día de celebración, siendo su última edición en 1996, el Sábado de Pasión por la mañana, con la participación de los guiones de las Cofradías acompañando al paso de la Unción en Betania. A la Junta Mayor se fueron incorporando coincidiendo con su fundación las siguientes agrupaciones penitenciales: Hermandad de Jesús Divino Obrero, hoy en día Real Hermandad de Jesús Divino Obrero, Cofradía de las Siete Palabras de Jesús en la Cruz y Cofradía del Santo Cristo del Perdón
El 30 de diciemre de 1972 se aprueba por Decreto del Obispo D. Luis María de Larrea y Legarreta el primer Reglamento para la Junta Mayor de Procesiones de la Semana Santa Leonesa. En él se fijaba el número de representantes de cada cofradía en tres personas, salvo para la más antigua (Angustias) y la más numerosa (Jesús) que disponían de cuatro representantes.
Posteriormente se han incomrporado a dicho Reglamento las Cofradías de Nuestro Señor Jesús de la Redención; Santísimo Cristo de la Expiración y del Silencio; y María del Dulce Nombre.
En 1992, se fundaron e integraron en la Junta Mayor las cofradías Santo Cristo de la Bienaventuranza; Santo Cristo del Desenclavo; y Santo Sepulcro-Esperanza de la Vida.
En noviembre del mismo año se suspende el Reglamento existente y se nombra una Comisión Gestora compuesta por los abades de las trece Cofradías y Hermandades existentes. La Comisión; presidida por el Abad de la más antigua, con el Maestre de la más moderna, como Secretario, y el Abad de la más numerosa como Tesorero; tiene como cometido la redacción de un nuevo Reglamento que se finaliza en 1993.
El nuevo reglamento no es refrendado por el Obispo Diocesano ante las dificultades de entendimiento entre los miembros de las Cofradías y se produce un tiempo turbio de relaciones cofrades que hace correr ríos de tinta en la prensa local. Durante este tiempo se fundan las cofradías Agonía de Nuestro Señor; Sacramental y Penitencial Cofradía de Nuestro Padre Jesús Sacramentado y María Santísima de la Piedad Amparo de los Leoneses y Cristo del Gran Poder.
En 1996 se elabora un nuevo Reglamento de mínimos, que exige la unanimidad en los acuerdos, aprobado por el Prelado Diocesano en 1997 y permite recuperar y celebrar el cincuentenario de la fundación de la Junta Mayor.
En 1998 la Semana Santa de Léon es de Interés Turístico Regional; en 1999 es declarada de Interés Turístico Nacional y finalmente en 2002 es declarada de Interés Turístico Internacional.
En la actualidad, la Junta Mayor está compuesta por los dieciséis abades de las Cofradías y Hermandades de la ciudad y un segundo representante, denominado estable por cada una de ellas.